Die Hauptkirche der Stadt und der Sitz des Patriarchats ist die Kathedrale Sé Patriarcal. Dieses Gotteshaus ist das älteste der Stadt. Die Bauarbeiten für die Kathedrale begannen bereits 1147, nachdem die Mauren aus der Region vertrieben, und deren Moschee abgerissen wurde. Die Fassade wurde im 20. Jahrhundert einheitlich im romantischen Stil erneuert.
Der Innenraum der Kathedrale in Lissabon vereint zwei verschiedene Stilepochen. Während ein Großteil im romanischen Stil erbaut wurde, erstrahlt der Chorumgang mit seinen insgesamt neun Kapellen im gotischen Stil. Besonders sehenswert ist das aus dem 12. Jahrhundert stammende Taufbecken. In diesem soll Erzählungen zufolge der Heilige Antonius getauft worden sein. Die berühmte Weihnachtskrippe von Machado de Castro befindet sich ebenfalls in dem Gotteshaus in Lissabon. Das Kunstwerk aus dem Jahre 1766 kann man in einer Glasvitrine bewundern.
Die Kathedrale in Lissabon dient zudem als Ausstellungsort. In der Schatzkammer können Besucher verschiedene Reliquien bestaunen. Aufgrund von bedeutenden Funden im Klostergarten aus der Zeit der Römer gibt es zudem eine archäologische Ausstellung. Lohnenswert ist auch eine Besichtigung der Särge von König Alfonso IV und Königin Brites, sowie der Sarkophage des Ritters Lopo Fernandes Pacheco und seiner Frau Maria Vilalobos.
