Die wärmsten Monate sind normalerweise Oktober und November, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 28 °C. Die kältesten Monate sind März und Juli mit einer Durchschnittstemperatur von 26 °C. In Santa Cruz do Arari fällt der meiste Regen im März, April, Februar und Mai, mit einer durchschnittlichen Niederschlagsmenge von 558 mm pro Monat.