Die wärmsten Monate sind normalerweise November und Dezember, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 6 °C. Die kältesten Monate sind Juli und Juni mit einer Durchschnittstemperatur von 4 °C. In San Miguel de Cauri fällt der meiste Regen im Februar, Dezember, Januar und März, mit einer durchschnittlichen Niederschlagsmenge von 237 mm pro Monat.