Die wärmsten Monate sind normalerweise September und August, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 27 °C. Die kältesten Monate sind Juli und Juni mit einer Durchschnittstemperatur von 25 °C. In Cobija fällt der meiste Regen im Februar, März, Januar und Dezember, mit einer durchschnittlichen Niederschlagsmenge von 334 mm pro Monat.