Die wärmsten Monate sind normalerweise Februar und März, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 29 °C. Die kältesten Monate sind November und Oktober mit einer Durchschnittstemperatur von 27 °C. In Santa Cruz de Mompox fällt der meiste Regen im Mai, Oktober, August und September, mit einer durchschnittlichen Niederschlagsmenge von 365 mm pro Monat.