Die wärmsten Monate sind normalerweise Januar und Februar, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 27 °C. Die kältesten Monate sind Juli und Juni mit einer Durchschnittstemperatur von 17 °C. In San Juan Bautista fällt der meiste Regen im Oktober, November, Mai und Dezember, mit einer durchschnittlichen Niederschlagsmenge von 183 mm pro Monat.