Die wärmsten Monate sind normalerweise September und Oktober, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 28 °C. Die kältesten Monate sind Juli und Juni mit einer Durchschnittstemperatur von 23 °C. In Puerto Quijarro fällt der meiste Regen im Januar, Februar, Dezember und März, mit einer durchschnittlichen Niederschlagsmenge von 186 mm pro Monat.