Die wärmsten Monate sind normalerweise März und Februar, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 29 °C. Die kältesten Monate sind Januar und Dezember mit einer Durchschnittstemperatur von 26 °C. In Natitingou fällt der meiste Regen im August, September, Juli und Juni, mit einer durchschnittlichen Niederschlagsmenge von 258 mm pro Monat.