Die wärmsten Monate sind normalerweise März und Februar, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 25 °C. Die kältesten Monate sind November und Januar mit einer Durchschnittstemperatur von 24 °C. In Medio San Juan fällt der meiste Regen im August, Oktober, Juni und Juli, mit einer durchschnittlichen Niederschlagsmenge von 951 mm pro Monat.