Die wärmsten Monate sind normalerweise April und Mai, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 28 °C. Die kältesten Monate sind August und Juli mit einer Durchschnittstemperatur von 27 °C. In Karimunjawa-Inseln fällt der meiste Regen im Januar, Dezember, Februar und März, mit einer durchschnittlichen Niederschlagsmenge von 390 mm pro Monat.