Die wärmsten Monate sind normalerweise Juli und August, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 16 °C. Die kältesten Monate sind Januar und Februar mit einer Durchschnittstemperatur von -2 °C. Den meisten Schneefall sieht Gelgaudiškis im Januar, Februar, Dezember und November, mit durchschnittlich 34 cm Schnee pro Monat.