Mit über 300 ausgestellten Ninja-Werkzeugen und -Waffen, darunter Shuriken, Kusarigamas, Kusari-Fundo und versteckten Mechanismen, verfügt Ninpaku über eine der größten Dauerausstellungen von Ninja-Werkzeugen in Japan. Die als Yamagishi-Sammlung bekannte Sammlung wurde vom verstorbenen Kenji Yamagishi kuratiert, einem renommierten Sammler von Ninja-Werkzeugen aus dem ganzen Land. Der Einsatz von Projektionsmapping, kinetischen Lichtsystemen, interaktiven Bodenbelägen und anderen hochmodernen audiovisuellen Beleuchtungstechniken haucht den ausgestellten Antiquitäten neues Leben ein. Angrenzend an Ninpaku befindet sich wie ein Zwilling das Lagerhaus der Ninja-Unterhaltung namens „Nintame“. Es zeichnet sich als Ninja-Trainingsgelände für Kinder aus und bietet die VR-Schwertkampfattraktion „VS Sanada Yukimura“, ein Shuriken-Spiel für kleine Kinder mit CG, klassische Ninja-Spiele und die Möglichkeit, Ninja- und Rüstungs-Cosplay zu erleben. Ein Besuch in Ninpaku nimmt Sie mit auf einen Zeitsprung um 400 Jahre.