Die wärmsten Monate sind normalerweise September und Oktober, dann liegt die Durchschnittstemperatur bei 25 °C. Die kältesten Monate sind Juli und August mit einer Durchschnittstemperatur von 23 °C. In Nueva Loja fällt der meiste Regen im April, Mai, März und Juni, mit einer durchschnittlichen Niederschlagsmenge von 593 mm pro Monat.